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Cy3.5是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。Cy3.5在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用Texas Red相似的滤片观察，它是一种非常常用的标记染料。Cy3.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

炔烃(alkyne)是常用生物标记基团。通过铜催化点击化学反应(CuAAC)，炔烃可以和叠氮(azide)生成稳定的生物链接。点击化学反应效率很高，可在水相中(也可有机相)快速完成，即便在低浓度(μM)下。点击化学反应技术发展很成熟，各种相关试剂商业可得，各种生物标记应用广泛。

Cy3.5标记后的产物Ex/Em是591nm/604nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Texas Red，Alexa Fluor 594，BODIPY TR，DyLight 594等。

分子式	C41H44ClN3O
分子量	630.26
结构式
光谱特性	Ex/Em＝591/604nm (PBS缓冲液)
消光系数	116000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.35
外观	深紫色固体
溶解性	可溶于氯仿，甲醇，乙腈，DMF等有机溶剂，微溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy3.5-炔烃水溶性较低，如需在水相中标记可选择磺化Cy3.5-炔烃。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。